Kościół, w którym wszystko się zaczęło, został zburzony w 1802 roku. Krakowscy ewangelicy odprawiali w tym czasie nabożeństwa w Podgórzu lub w odległej Wielkanocy, która przez prawie dwa stulecia była oficjalną siedzibą zboru krakowskiego. W roku 1816 Senat Wolnego Miasta Krakowa przekazał im w użytkowanie kościół św. Marcina, ale po raz pierwszy reformacyjne nauki głoszono z ambony innej staromiejskiej świątyni, wówczas już nieistniejącej – kościoła św. Szczepana.

„Duży wpływ na rozszerzenie się ruchu reformacyjnego w Krakowie wywarła działalność magistra i wykładowcy Akademii Krakowskiej Jakuba z Iłży, który skorzystał z posiadanego urzędu kaznodziejskiego w kościele św. Szczepana, by podjąć zeń propagandę nowej wiary wobec szerokich rzesz krakowian. Jego działalność przypada na lata 1528–1535, kiedy został wyrokiem biskupim z Krakowa usunięty. Tezy Iłży obejmowały główne punkty nauk Lutra, a więc odrzucenie postów, odpustów, istnienia czyśćca, niektórych świąt, ceremonii kościelnych, kultu Matki Boskiej i świętych, zaprzeczanie skuteczności sakramentów i pośrednictwa świętych. Jego zwolennicy ostro krytykowali naukę Kościoła rzymskiego i hierarchię duchowną” (J. Bieniarzówna, „Pierwsze stulecie zboru pod Wawelem”, [w:] „450 lat reformacji pod Wawelem”, oprac. I. Czajka, red. B. Tondera, Kraków 2008).

Ilustracja: grafika ze strony tytułowej krakowskiego wydania „Pieśni o narodzeniu Pańskim” (1558) Wacława z Szamotuł, do której słowa napisał prawdopodobnie Jakub z Iłży.