Kiedy w 1562 roku zmarł bezpotomnie protektor krakowskich ewangelików senator Jan Boner, zbór krakowski był pogrążony w wewnętrznych sporach. Pierwszy oficjalny kaznodzieja ks. Grzegorz Pauli przeszedł na stronę antytrynitarzy i utracił swoje stanowisko. Podobnie stało się z jego tymczasowym zastępcą diakonem Stanisławem Wiśniowskim. Konieczny był powrót z Litwy superintendenta ks. Szymona Zacjusza, który został pastorem krakowskich ewangelików do 1570 roku. We znaki dawał się zborownikom także brak stałej siedziby.

„Około roku 1565 zbór krakowski dla sposobniejszego nabożeństwa odprawowania do dworku jmp. Tęczyńskiego jest przeniesiony, od którego dworku p.p. starsi zboru krakowskiego każdorocznie czynsz dawali, a sami niektóre mieszkania i sklepy prywatnym ludziom najmowali” – czytamy w kronice ks. Wojciecha Węgierskiego. Jej współcześni wydawcy błędnie zidentyfikowali jednak lokalizację dworku, wskazując na posesję przy zbiegu ulic Jagiellońskiej i Gołębiej. Tak jak obecnie, pięć wieków temu teren ten należał do uniwersytetu. Tęczyńscy zaś mieli swój dwór w Krakowie w miejscu, gdzie od połowy XX wieku mieści się Muzeum Archeologiczne.

Historia tego obszaru jest bardzo ciekawa, więc pozwolimy sobie ją zreferować na podstawie wirtualnego spaceru ze strony internetowej muzeum (https://ma.wkraj.pl/.../muzeum-archeologiczne-w-krakowie).

Teren, na którym znajduje się obecnie Muzeum Archeologiczne w Krakowie, zlokalizowany był na zachodnim obrzeżu średniowiecznego miasta. W okresie od IX do XIII w. przez ten rejon przebiegały drewniano-ziemne umocnienia podegrodzia Okół, natomiast od XIV w. kamienny mur obronny miasta. Relikty tych umocnień zachowały się w podziemiach muzeum i w północno-wschodniej części ogrodu. W północno-zachodnim narożniku zabudowań i pod murem ogrodzenia od strony ul. Poselskiej widoczne są do dziś relikty baszty Legackiej, zwanej też basztą Murarzy.

W ostatnich latach XIV wieku omawiany teren był własnością rodów feudalnych. Tutaj znajdowały się: dwór Gniewosza z Dalewic, siedziba rodu Tęczyńskich zwana Malowanym Dworem oraz XIV-wieczna łaźnia miejska. Dwór Gniewosza został zakupiony w 1424 roku przez opata tynieckiego. Znajdowało się tu później tzw. hospicjum tynieckie. W 1612 r. Mikołaj Zebrzydowski odkupił posiadłość i ofiarował ją zakonowi karmelitów reformowanych czyli bosych.

Dwór Tęczyńskich był w posiadaniu rodziny do połowy XVI wieku. Potem służył zborowi ewangelickiemu, a następnie był dzierżawiony przez Łukasza Trzaskowskiego. W 1610 roku przeszedł na własność karmelitów bosych jako dar kasztelana wiślickiego Andrzeja Tęczyńskiego. W łacińskim dokumencie darowizny nazwa Malowany Dwór podana jest w brzmieniu polskim.

Na początku XVII wieku karmelici otrzymali również łaźnię miejską, sąsiadującą z ogrodami klasztoru franciszkańskiego. W XVII w. powyższe budowle zostały poddane gruntownej przebudowie na potrzeby klasztoru. Wtedy też w części zabudowań wzniesiono kościół pod wezwaniem św. Michała i św. Józefa, konsekrowany w 1635 roku.

W 1797 roku klasztor i kościół skonfiskowano na rzecz państwa austriackiego. Budynki klasztorne adaptowano na więzienie. Układ przestrzenny istniejących budynków został uformowany w drugiej połowie XIX w. W 1872 r. zburzono kościół św. Michała i św. Józefa przylegający do więzienia, a na jego miejscu wybudowano gmach sądu karnego. Po 1874 r. połączono budynki więzienne z gmachem sądu, zaś na potrzeby więzienia wykonano kaplicę w północno-zachodniej części zabudowań – od ul. Poselskiej. Od strony ul. Senackiej wzniesiono dzisiejszą bramę wjazdową i budynek dla potrzeb gospodarczych więzienia (kuchnia, pralnia, magazyn).

Zespół gmachów św. Michała (nazwa została od wezwania zburzonego kościoła) służył jako więzienie przez ponad półtora wieku – aż do 1950 roku. Przebywali w nim zarówno przestępcy kryminalni, jak i więźniowie polityczni. Listę tych ostatnich otwierają organizatorzy i uczestnicy rewolucji krakowskiej w 1846 r. i Wiosny Ludów. Więźniowie polityczni przybywali do św. Michała falami odzwierciedlającymi historię zrywów wolnościowych i walk o sprawiedliwość społeczną. Kolejną falę więźniów politycznych stanowią uczestnicy powstania styczniowego (1863 r.). Wtedy to w jednej celi z góralem z Chochołowa przebywał Michał Bałucki. Efektem ich wspólnych przeżyć był wiersz Bałuckiego, znany dziś przebój „Góralu, czy ci nie żal”.

Pod koniec XIX w. bramy więzienia zamykają się za pierwszymi działaczami socjalistycznymi (m.in. Ludwik Waryński i jego towarzysze), organizatorami i uczestnikami strajków i manifestacji robotniczych, a także działaczami niepodległościowymi. W okresie międzywojennym więzienie św. Michała funkcjonowało jako zakład śledczy. W czasie okupacji niemieckiej przetrzymywano w nim aresztowanych za przestępstwa kryminalne i osoby schwytane w czasie łapanek.

Od 1945 r. więzienie św. Michała służyło władzy ludowej do izolowania „wrogów demokratycznego ustroju państwa polskiego”. Przebywali tutaj (w trakcie śledztwa lub już z wyrokami) żołnierze Armii Krajowej i innych formacji wojskowych, a także działacze organizacji politycznych oraz więźniowie kryminalni. W salach sądu przy ul. Senackiej odbywały się również procesy polityczne; wówczas oskarżonych przetrzymywano w św. Michale. Miało to miejsce w związku z głośnym procesem II Zarządu WiN i PSL w 1947 r. (proces Niepokólczyckiego i Mierzwy) oraz księdza Gurgacza w 1949 roku. Ciekawym wydarzeniem w powojennej historii więzienia św. Michała było zorganizowanie w dniu 18 sierpnia 1946 r. rozbicia więzienia od wewnątrz i uwolnienia z niego najbardziej zagrożonych więźniów.

W 1954 r. władze miasta Krakowa przekazały kompleks powięziennych budynków na potrzeby Muzeum Archeologicznego.

Ilustracja: Muzeum Archeologiczne w Krakowie, fot. arch. Urzędu Marszałkowskiego Województwa Małopolskiego.