Pierwotnie w miejscu dzisiejszego pałacu wznosił się dwór. Pierwszą postać obecnej willi polecił zbudować w latach 1530. właściciel części Przegorzał i Woli Chełmskiej pod Krakowem (od 1528) Justus Ludwik Decjusz – pochodzący z Alzacji krakowski dyplomata, królewski sekretarz i doradca, od którego nazwiska wzięła się późniejsza nazwa Woli Justowskiej. Podmiejska willa została wzniesiona na wzór modnych w okolicach Florencji i Rzymu posiadłości będących miejscem wypoczynku, spotkań i dysput filozoficznych.

Decjusz zatrudnił do budowy trzech włoskich architektów. Rezydencja została oddana do użytku w 1535 roku, stając się wkrótce miejscem spotkań przedstawicieli różnych kultur i narodowości, wymiany poglądów i twórczych konfrontacji. Jej właściciel cieszył się poważaniem ówczesnych myślicieli europejskich, w tym ks. dr. Marcina Lutra. Utrzymywał też szerokie kontakty z różnowiercami za granicą. Był oskarżany przed sądem biskupim i przed królem o sprzyjanie heretykom, ale zdołał się wybronić.

Po śmierci patrona rodu w roku 1545 posiadłość przejął jego syn Justus junior, znany jako czołowy innowierca ówczesnej stolicy Rzeczypospolitej. Zwolennicy religijnych nowinek, uczniowie Lutra i Kalwina w Willi Decjusza znajdowali atmosferę tolerancji i wolności. Były tam głoszone kazania i odprawiane nabożeństwa protestanckie. Kronikarz zboru krakowskiego ks. Wojciech Węgierski ujął to w następujących słowach:

„Gdy się tak w mieście Krakowie i w całej Polsce, lubo w różnych przeciwieństwach i prześladowaniu, co dzień jednak tym bardziej zmacniał bieg Ewangelii Pana Jezusowej, i coraz tym większa przymnażała się chwalców Bożych i zborów Pańskich liczba: Stanu szlacheckiego gorliwie niektóre osoby, a ile możniejsi panowie, osobliwie Stanisław Lasocki, podkomorzy łęczycki, Stanisław Stadnicki z Niedźwiedzia, Jan Bonar, kasztelan biecki, do Krakowa zjeżdżając, ministry albo kaznodzieje Słowa Bożego z sobą bierali i w dworach swoich dla ludu pospolitego nabożeństwa odprawowali. Potym roku 1552 aż pod sam Kraków miasto do Woli Justowej, najprzedniej dla panów krakowian sługę Bożego, ks. Grzegorza Pauli z Brzezin, rodu pełesznickiego, majętności p. Lasockiego, ministra z synodu naznaczyli i podali. Który czasem w Chełmnie u pana Marcjana Chełmskiego, chorążego krakowskiego, czasem w Woli Justowej nabożeństwem św. usługował, na które z wielką gorliwością pieszo tak we złą, jako i w dobrą drogę kupami znacznemi z Krakowa się schadzali, nic nie dbając na strachy i na despekty, które im często w drodze za poduszczeniem duchowieństwa wyrządzano.”

W roku 1996 Willa Decjusza została odrestaurowana. Mieszczą się w niej obecnie Instytut Kultury Willa Decjusza i Stowarzyszenie Willa Decjusza, a w pobliżu swoją siedzibę ma Małopolski Instytut Kultury.

Zachęcamy do zapoznania się z historią i współczesną działalnością obiektu na stronie internetowej.